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IMACELの提供形態
ImageJ向けプラグインコレクション
LPIXEL ImageJ Plugins
ライフサイエンス領域では、画像データのオーバーフローが起きています。
この状況を、画像解析技術で解決する。ライフサイエンスと画像解析、双方に強みを持った私たちLPIXELだからこそできるソリューションです。
Analyze menu
機能
Clustering
クラスタリング関係の処理をまとめたプラグイン。 k-means, mean-shift, SOM, スペクトラルクラスタリングなど。
Color
色彩関係の処理をまとめたプラグイン。色空間の変換、色ヒストグラムの作成、グレイスケール化など。
Convolv
コンボリューション関係の処理をまとめたプラグイン。2次元と3次元の画像に対応。
CorrMap
画像間・フレーム間の相関マップの作成に関するプラグイン。
Correspond
2次元画像間の対応点の推定に関するプラグイン。
DispRange
表示上のコントラスト自動調整に関するプラグイン。
DynProf
kymograph、輝度プロファイル、輝度ヒストグラムなどをまとめたプラグイン。
Features
2次元濃淡画像やその中の ROI からの特徴抽出に関するプラグイン。
Filter1d
1方向(X or Y or Z)の画素列に対する画像処理をまとめたプラグイン。
Filter2d
2次元平面に対する画像処理をまとめたプラグイン。ノイズ抑制、2値化など。
FilterPt
各画素で独立した画像処理をまとめたプラグイン。ガンマカーブの適用など。
Flow
時系列濃淡画像に対するオプティカルフローを実施するプラグイン。
IjTool
ImageJ 向けのツールをまとめたプラグイン。
LinesAngle
2次元線分画像からの線長、角度などの定量化プラグイン。
Measure
2次元2値画像中のブロブ群に対する形状測定などをまとめたプラグイン。
Pad
2、3次元画像に対するパディング処理をまとめたプラグイン。
Peak
2次元濃淡画像からの輝度ピークの抽出処理をまとめたプラグイン。
Ptv
粒子追跡による速度測定処理をまとめたプラグイン。
RangeEffect
指定したパラメタ範囲内で各種画像処理を実施するプラグイン。
Registration
位置合わせ処理をまとめたプラグイン。
RoiUtil
ROI (region of interest; 関心領域) の取扱をまとめたプラグイン。
Stics
spatial-temporal image correlation spectrum (時空間画像相関スペクトル) に関する処理をまとめたプラグイン。
StkFilter
スタック画像(XYZ画像もしくは時系列画像)に対する画像処理をまとめたプラグイン。
SwapAxis
画像のX、Y、Z軸の転置を行うプラグイン。
インストール
- ダウンロードしたJARファイル (lpx_ij_plugins_….jar) をImageJ pluginsフォルダへコピーしてください。
- ImageJを起動するか、起動中であれば[Help -> Refresh Menus] にて自動的に読み込まれます。
- LPixel ImageJ pluginsは [Plugins -> LPX -> …] からご利用ください。
アップグレード
- ImageJを終了させ、ImageJ pluiginsフォルダ内にある古いJARファイル(lpx_ij_plugins_….jar) を削除してください。
- ダウンロードした最新のJARファイル (lpx_ij_plugins_….jar) をImageJ pluiginsフォルダへコピーし、ImageJを起動すると自動的に読み込まれます。
- LPixel ImageJ pluginsは [Plugins -> LPX -> …] からご利用ください。
開発者
朽名 夏麿 (エルピクセル株式会社・東京大学 馳澤研究室)
References of each plugins
Plugins
- Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineByMdnms__ (Sun and Vallotton 2009)
- Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineByRotWs__ (Chiba et al. 2014, Kimori et al. 2010)
- Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineExtract__ (Ueda et al. 2010)
- Lpx Filter2d -> filter=morpho__ -> morphoOp=rmp* (Kimori et al. 2010)
- Lpx Flow (Ueda et al. 2010)
References
- Chiba K, Shimada Y, Kinjo M, Suzuki T, Uchida S (2014) Traffic 15: 1-11.
- Kimori Y, Baba N, Morone N (2010) BMC Bioinfo 11: 373.
- Ueda H, Yokota E, Kutsuna N, Shimada T, Tamura K, Shimmen T, Hasezawa S, Dolja VV, Hara-
- Nishimura I (2010) Proc Natl Acad Sci USA 107: 6984-6899.
- Sun C, Vallotton P (2009) J Microsc 234: 147-157.
謝辞
- Revision 76 (2007-09-18) – 882 (2010-10-03) had been supported by BIRD of Japan Science and Technology Agency (JST).
- Revision 883 (2010-10-03) – 1306 (2014-03-29) have been supported by `Development of Systems and Technology for Advanced Measurement and Analysis of Japan Science and Technology Agency (JST)
- Revision 1057 (2012-04-20) – 1383 (2015-03-31) have been supported by JSPS KAKENHI (No. 24770038).
- Revision 1194 (2013-05-09) – 1383 (2015-03-31) have been supported by a Grant-in-Aid for Scientific
- Research on Innovative Areas (No. 23119505) from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of Japan.